在2000年版的《国家基本药物目录》中，将肠内营养制剂按蛋白质来源分为两大类：（1）氨基酸型和短肽型（elemental type，要素型）肠内营养制剂；（2）整蛋白型（non-elemental type，非要素型）肠内营养制剂。中华医学会北京分会在第一次肠内营养制剂分类依据研讨会上，提出一种目前认为比较合理的肠内营养制剂分类，拟定将肠内营养制剂分成三类，即氨基酸型、整蛋白型和组件型。
1.氨基酸型、短肽型肠内营养制剂（要素型）
这类制剂的基质为单体物质，包括氨基酸或短肽、葡萄糖、脂肪、矿物质和维生素混合物。本类制剂又可进一步分为平衡型（balanced，standard type）即一般营养型，如氨基酸型营养制剂肠内营养粉剂，和疾病特异型（disease specific type），如苯丙氨基酸代谢障碍型营养剂。
①氨基酸型
适用于消化道通畅的患者，不能正常进食，合并中-重度营养不足；消化道术前准备；消化道手术后吻合口瘘如：咽部瘘、食管瘘、胃瘘、结肠瘘等；胰腺炎的恢复期；短肠综合征的患者（小肠的长度短于60cm）；炎性肠道疾患如：克罗恩病等。
A.平衡型:一般营养型，商品名制剂有肠内营养粉AA；
B.疾病适用型:例如苯丙氨酸代谢障碍适用等。每袋80g，内含100%的游离氨基酸浓度约15%、脂肪为2.5%（脂肪0.8g，亚油酸0.6g），碳水化合物为82.2%(61.7g为麦芽糖糊精，食物淀粉)，同时含有人体必需矿物质、多种维生素和微量元素等。属于无渣，粪便排出量少，因此不需消化液或极少消化液便可吸收。
②短肽型
适用于有胃肠道功能或部分胃肠道功能的患者。如：胰腺炎；肠道炎性疾病；放射性肠炎和化疗；肠瘘；短肠综合征等。也可作为营养不足病人的手术前后喂养及肠道准备。能补充人体日常生理功能所需的能量及营养成分。
包括：乳剂、混悬液、粉剂。此类制剂商品名有肠内营养混悬液（百普力）、以及粉剂类型（百普素）等所含蛋白质为蛋白水解物，在小肠中也有运输低聚肽的体系，低聚肽经小肠粘膜刷状缘的肽酶水解后进入血液，容易被机体利用。同时不含乳糖，避免了乳糖不耐受引起的腹泻和脂代谢障碍等一系列问题。几乎完全吸收，低渣，需少量消化液吸收，排粪便量少。
2.整蛋白型肠内营养制剂（非要素型）
这类肠内营养制剂以整蛋白或蛋白质游离物为氮源，渗透压接近等渗（300～450mOsm/L），口感较好，适于口服，也可以管饲，适用于胃肠道功能比较好的患者。适于面或颈部创伤，或颅颈部手术后；咀嚼和吞咽功能性或神经性损害，或咽下困难；意识丧失的病人和/或接受机械通气的病人；以及高分解代谢状态，如癌症、烧伤和颅脑创伤病人；神经性厌食等。
A.平衡型（balanced，standard type） 按照是否含有部分特定营养素成分，分为含或不含膳食纤维型制剂、含或不含中链甘油三酯型制剂等。按照剂型不同，可分为液体制剂和粉剂。液体制剂包括整蛋白型肠内营养乳剂和整蛋白型肠内营养混悬液。粉剂包括整蛋白型肠内营养粉剂。常见的商品名有肠内营养制剂TP（安素）、肠内营养乳剂TP（瑞素）等。该型制剂进入胃肠道后可刺激消化腺体分泌消化液，帮助消化、吸收，在体内消化吸收过程同正常食物，可提供人体必需的营养物质和能量的需要。其中有些制剂含有中链三酰甘油（如瑞素），更有利于脂肪的代谢吸收；有些制剂为了节约入液量而制成高能量密度，每1ml提供1.3-1.5Kcal的能量（如肠内营养乳剂（TP-HE）（瑞高），肠内营养混悬液（TPF）（能全力1.5））。还有些制剂添加了膳食纤维以改善胃肠道功能（如肠内营养乳剂（TPF-D）（瑞代），能全力、瑞先等）。不同的制剂因产品特色不一而同时属于不同类型，但只要了解其特殊之处就不会分错了。这一大类制剂适于面或颈部创伤，或颅颈部手术后；咀嚼和吞咽功能性或神经性损害，或咽下困难；意识丧失的病人和/或接受机械通气的病人；以及高分解代谢状态，如癌症、烧伤和颅脑创伤病人；神经性厌食等。
B.疾病特异型（diseasespecific type） 包括糖尿病型肠内营养乳剂，肿瘤病型肠内营养乳剂，免疫加强型营养乳剂，肺部疾病型肠内营养乳剂，烧伤型肠内营养乳剂。糖尿病型肠内营养制剂（如肠内营养乳剂（TPF-D）瑞代）、肿瘤适用型肠内营养乳剂（如肠内营养乳剂（TPF-T）（瑞能））、高蛋白、高能量肠内营养乳剂（如瑞高、瑞先）、免疫增强型肠内营养（如茚沛）、肺病型肠内营养混悬液（如易菲佳）、肾病用复方a-酮酸类似物（如开同）等。
3.组件型肠内营养制剂（moduletype）
这类制剂包括氨基酸组件、短肽组件、整蛋白组件、糖类组件、长链甘油三酯（LCT）组件、中长链甘油三酯（MCT）组件、维生素组件等。目前国内尚无组件式肠内营养制剂的上市产品，但有属于食品的蛋白质制剂，有人认为可将其归为组件式肠内营养制剂。
国内专家们一致认为上述分类方法基本上可以涵盖目前国内已有的肠内营养制剂，并为将来肠内营养制剂的发展留有足够的空间。
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