每年新出生婴儿中有一部分由于受各种疾病影响，不能喂养母乳或普通婴儿配方食品，最常见的情况有乳蛋白过敏、乳糖不耐受、早产及低出生体重不能进行母乳或普通配方奶粉喂养。对于这部分新生儿，特殊医学用途婴儿配方食品是他们生命早期或相当长时间内赖以生存的主要食物来源。
特殊医学用途婴儿配方食品指针对患有特殊紊乱、疾病或医疗状况等特殊医学状况婴儿的营养需求而设计制成的粉状或液态配方食品。在医生或临床营养师的指导下，单独食用或与其它食物配合食用时，其能量和营养成分能够满足0—12月龄特殊医学状况婴儿的生长发育需求。
特殊医学用途婴儿配方食品的配方应以医学和营养学的研究结果为依据，其安全性、营养充足性以及临床效果均需要经过科学证实。
无乳糖配方或低乳糖配方
无乳糖配方或低乳糖配方适用于原发性或继发性乳糖不耐受的婴儿。
由于乳中碳水化合物的主要成分是乳糖，新生儿和婴儿可能存在先天乳糖不耐受或其他多种原因（如腹泻），导致婴儿肠道中的乳糖酶活性下降，甚至完全停止分泌，结果可能出现乳糖不耐受，没有被水解的乳糖在大肠被细菌分解产酸产气，从而引起肠胃胀气、腹痛等症状。这类产品配方中应以其他碳水化合物全部或部分替代普通婴儿配方食品中的乳糖。
乳蛋白部分水解配方
乳蛋白部分水解配方适用于乳蛋白过敏高风险婴儿。
过敏高风险婴儿是指婴儿父母任一方或一级亲属有乳蛋白过敏史，因此这些婴儿也存在对乳蛋白过敏的风险。使用乳蛋白部分水解配方可以减少婴儿摄入过敏原——乳蛋白的几率。这类食品是将产品中的乳蛋白经过加热和（或）酶水解为易消化的小分子蛋白、肽段和氨基酸，以降低大分子乳蛋白的致敏性并帮助建立耐受性，提高消化率。
乳蛋白深度水解配方或氨基酸配方
乳蛋白深度水解配方或氨基酸配方适用于食物蛋白过敏婴儿。
食品蛋白过敏是婴儿对食物中蛋白质不恰当的免疫应答引起的不良反应。乳蛋白深度水解配方食品是通过一定工艺将易引起过敏反应的大分子乳蛋白水解成短肽及游离氨基酸。氨基酸配方食品以单体氨基酸作为蛋白质的来源。
早产/低出生体重婴儿配方
早产/低出生体重婴儿配方适用于早产/低出生体重儿。
在临床上，将孕37周前出生的婴儿称为早产儿，将出生体重低于2500g的婴儿称为低出生体重儿。早产/低出生体重儿与足月儿在生理状况、营养需求以及营养物质的消化吸收方面有较大差异。为满足其追赶生长的营养需求，早产/低出生体重儿配方食品中能量、蛋白质以及一些维生素和矿物质的含量应明显高于足月儿配方食品。
母乳营养补充剂
母乳营养补充剂适用于早产/低出生体重儿。
母乳营养补充剂是为了补充早产/低出生体重儿母乳中能量、蛋白质、维生素和矿物质不足而特别设计的、需加入到母乳中使用的液态或粉状特殊医学用途婴儿配方食品。母乳营养补充剂不是全营养配方食品，是对早产/低出生体重儿母乳喂养的补充。与母乳配方使用时的能量和营养素含量应能满足早产/低出生体重儿配方食品能量和营养素上限、下限值的要求。
氨基酸代谢障碍配方
氨基酸代谢障碍配方适用于氨基酸代谢障碍婴儿。
氨基酸代谢障碍是指由于遗传因素造成某些酶的缺陷，使一种或几种氨基酸在婴儿体内代谢发生障碍，导致患儿体格生长发育迟滞，智力发育障碍，严重时可导致不可逆的损害。
氨基酸代谢障碍配方食品是指不含或仅含有少量代谢障碍氨基酸的特殊配方食品，用于代替普通婴儿配方食品，以改善患儿症状，减轻智力损害，同时为患儿提供必要的、充足的营养素以维持其正常生长发育的需求。
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