特医食品在临床中的作用非常重要，因为有很多患者存在营养风险或者是营养不良，普通的食物已经没有办法满足营养需求。这时使用特医食品能够帮助改善患者营养状况，纠正代谢失衡，增强肌体抗力。
术前使用可以增加营养储备，提高对手术和麻醉的耐受力；术后使用有利于减少感染，促进伤口愈合；还能够增强各种治疗的效果，肿瘤患者长期使用特医，可以改善营养状况，增加化疗或者放疗的效果，改善生活质量。
患者整体的营养状况改善了，能够降低死亡率，降低感染性并发症的发生率，减少再入院率，从而能够缩短住院的天数，减少住院费用。
说到特医食品的适应症，只要是患者营养状况比较差，或者摄入量没有达到日常需求的量，都可以使用特医食品。
比如说BMI小于18.5kg/㎡，或者近期体重丢失比较多，或者摄入很少，没有进食大于5天，或者预计摄入很少/不会进食大于5天，或者营养吸收不良、营养丢失过多以及需求量增加的患者，都可以使用特医食品。
常见的主要是经口摄食障碍。不能经口摄食，口咽部、食管部功能不全导致吞咽、咀嚼及咽下困难，或者是不愿进口进食，就可以通过管饲的方式增加摄入。
胃肠道疾病。胃肠道是食物消化吸收的一个主要场所，胃肠道疾病肯定会影响到患者的摄入以及消化吸收的情况，影响患者的营养状况，所以说胃肠道漏、炎性肠道疾病、短肠综合征、胆胰瘘、胰腺疾病、不全性肠梗阻等等都可以。
还有一些其他状态。比如说意识障碍，没有办法进食；高代谢状态患者，日常的饮食已经没有办法满足需要，或者有的患者没有办法经口进食，结肠的术前准备，术前术后的营养支持等等都可以使用。
特医食品的禁忌症，也就是内应或者应激症。比如说完全性肠梗阻，胃肠道出血，严重腹腔感染；严重应激状态的早期、休克状态、持续麻痹性肠梗阻；短肠综合征初期、高流量的空肠瘘；持续性呕吐、顽固性腹泻以及重度炎症性肠病；急性重症胰腺炎患者的急性期；三个月内的婴儿；氨基酸代谢异常者，不宜使用氨基酸或者短肽配方。
不管使用哪一种制剂，都应针对患者的情况做个体化、动态的调整。
比如不同年龄，1~10岁的，应该使用儿童型的特医食品；大于10岁，成人的；老年人，如果对整蛋白型本身的消化功能比较弱，这些都要考虑。
还有诊断、治疗的情况以及药物的影响，比如说使用镇静药可以使胃肠蠕动减慢，这时候要考虑使用短肽这种加速通过胃肠道的特医食品；
营养状况以及物质代谢改变，胃肠道功能是否耐受，对蛋白及脂肪的耐受吸收情况如何，是否需要联合肠外营养等等，这些都需要结合患者具体的情况。
特医食品的使用方法归根结底有两种，或者是口服或者是管饲。口服通常称为ONS口服营养补充。
只要是饮食不能够达到日常的需要量，以及蛋白需要量不能够达到所需的，都可以使用口服营养补充。比如说能够进食的围手术期患者，老年人以及肿瘤、慢性肾脏病都可以使用口服营养补充；如果有的患者疑似进食比较少，可以参考小口啜服（一会喝一点）；如果进食量比较有限，可以比较高的保证在有限的容量范围内得到最大量摄入。
除了口服，包括鼻胃管，胃管或者是十二指肠空肠管等等，因为胃造瘘、空肠造瘘通常都适用于昏迷或危重的患者，对这一类患者要根据患者病情变化决定使用量。刚开始时要注意低浓度、低剂量、低速度，根据耐受的情况逐渐增加。
对于管饲来说也有不同方法，包括间歇推注、间歇滴注、持续泵注等等。间歇推注跟日常吃饭一样，隔一段时间来一次，操作简单，它适用于病情比较稳定的，适合于胃内喂养。但如果是重症患者，建议持续慢速的推注，并发症会少一点，营养吸收的效果也会好。
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